En diciembre del año 2000, Ernestina Godoy llegó a trabajar a la Consejería Jurídica y de Servicios Legales del gobierno del Distrito Federal encabezado por Andrés Manuel López Obrador, a quien la actual fiscal capitalina ha acompañado en sus campañas presidenciales y en la formación de Morena.
En esa época, pese a que había terminado sus estudios de leyes en la UNAM en 1979, según refiere el Sistema de Información Legislativa, aún no había obtenido el título de abogada.
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Ocupó la Dirección General Jurídica y de Estudios Legislativos dentro de la Consejería Jurídica, una de las más importantes del área creada por los gobiernos perredistas, y firmó acuerdos, decretos y convenios sola y junto con López Obrador, entonces jefe de Gobierno. Lo hizo nada más con su nombre sin incluir el término "licenciada".
La razón es que Godoy no tenía título ni cédula profesional, ya que obtuvo ambos hasta enero de 2004, cuando consiguió la licenciatura en derecho por la UNAM con la tesis "La participación ciudadana en la Ciudad de México en el marco de la alternancia y la transición política".
De acuerdo con el investigador universitario Guillermo Sheridan, Godoy plagió ese trabajo al incluir páginas enteras del ensayo "La participación ciudadana en democracia", escrito por el académico y exconsejero electoral Mauricio Merino, y al incorporar párrafos sin citar de un artículo del académico francés Jean-Claude Thoenig.
Aunque la tarea desempeñada en la Consejería Jurídica era de carácter técnico y especializado, durante más de dos años Godoy tomó decisiones y firmó documentos oficiales sin un título que avalara sus conocimientos en derecho.
Entre las funciones del puesto que ocupó Godoy de 2000 al 2008 estaba la de elaborar y revisar anteproyectos de iniciativa de leyes y decretos que el jefe de Gobierno presentara al Congreso, revisar reglamentos, decretos, acuerdos, y encargarse de la publicación, difusión y distribución de ordenamientos jurídicos y administrativos en la Gaceta Oficial de la Ciudad de México.
Una vez que Godoy consiguió el título, los acuerdos, avisos y demás oficios que pasaban por sus manos se acompañaron de la firma "licenciada".
Godoy llegó de la mano de Estela Ríos, otra abogada laboralista, cercana a López Obrador; ambas habían presidido la Asociación Nacional de Abogados Democráticos (ANAD), en la que también participó Arturo Alcalde, padre de la secretaria de Gobernación, Luisa Alcalde, y de Bertha Alcalde, quien fue propuesta por el presidente para ocupar un cargo en la Suprema Corte de Justicia de la Nación.